透過のあるテクスチャーを貼ったオブジェクトを複数描画すると、奥のオブジェクトが描かれない状況に陥りました。結論から言うと、私のコーディングミスでした。Three.jsは完璧です。疑って申し訳ありませんでした。
Three.jsの仕事は完璧
透過オブジェクトが複数あった場合、Three.jsは自動で奥のオブジェクトから先に描画してくれるので、「奥の物が描かれない」という状況にはならないようです。また、自分で奥にあるものから先に描画されるよう、描画順序についてコーディングする必要もないようです。
奥の物が描画されなかった原因
Meshに位置情報を与えず(0,0,0のまま)、Geometryに位置情報を与えてしまっていたからのようです。
Geometryには形状の情報だけを与え、Meshにposition.setで位置情報を入れたところ全て適切に描画されるようになりました。
おそらくMeshのpositionに対して視点からの距離をソートして奥から描画しているのではないでしょうか。BoxジオメトリなどがBoxの端ではなく中心を基準に形状が作成される理由が何となく分かります。